Ο Νίκος Μαρινάκης άρχισε την καριέρα του από τα τμήματα υποδομής του Παναθηναϊκού στον οποίο αγωνίστηκε στη Super League από το 2012 έως τώρα (49 συμμετοχές) με εξαίρεση την περίοδο 2014-2015 που έπαιξε δανεικός στη Νίκη Βόλου (13 συμμετοχές).
Ο 23χρονος ποδοσφαιριστής μετά την υπογραφή του συμβολαίου του δήλωσε: «Είμαι χαρούμενος που ήρθα στον Παναιτωλικό. Δεν θα πω πολλά πράγματα, αλλά θέλω να μιλήσω με τη δουλειά μου στο γήπεδο».